Ở vòng đầu tiên bảng J FIFA World Cup tại Mỹ, Canada và Mexico, trận Argentina vs. Algeria, Messi, gần 39 tuổi, đã ra sân chính thức, trở thành cầu thủ đầu tiên xuất hiện trong sáu kỳ FIFA World Cup. Đây cũng là cột mốc trận đấu thứ 200 của Messi cho đội tuyển quốc gia.

Vào ngày 17 tháng 8 năm 2005, Messi ra mắt đội tuyển quốc gia trong trận giao hữu với Hungary, nhưng anh đã bị đuổi khỏi sân với thẻ đỏ chỉ hai phút sau khi thay người vào từ ghế dự bị.

Vào ngày 1 tháng 3 năm 2006, Messi ghi bàn thắng đầu tiên cho đội tuyển quốc gia trong trận giao hữu với Croatia, cũng là trận ra mắt đội tuyển quốc gia của Modric.

Messi ra mắt FIFA World Cup vào năm 2006. Trong năm kỳ FIFA World Cup mà anh tham dự, Messi có 26 lần ra sân, ghi 13 bàn và 8 kiến tạo, giành 1 chức vô địch và 1 á quân, cùng hai lần được trao Quả bóng vàng FIFA World Cup. Anh là cầu thủ có lần ra sân nhiều nhất và đóng góp bàn thắng nhiều nhất trong lịch sử FIFA World Cup.

Messi lần đầu tiên tham gia Copa América vào năm 2007, và kể từ đó đã tham dự bảy giải đấu Copa América. Anh có 39 lần ra sân, ghi 14 bàn và 18 kiến tạo, giành 2 chức vô địch và 3 á quân, cùng hai lần được vinh danh Cầu thủ xuất sắc nhất Copa América.

Trong 21 năm gắn bó với đội tuyển quốc gia, Messi đã giành 1 FIFA World Cup, 2 Copa América và 1 CONMEBOL–UEFA Cup of Champions cùng Argentina. Anh cũng có 1 á quân FIFA World Cup và 3 á quân Copa América. Trong sự nghiệp trẻ, Messi cũng giành chức vô địch Giải vô địch bóng đá trẻ thế giới 2005 và huy chương vàng Thế vận hội 2008 cho Argentina.

Trong 199 lần ra sân trước đó, Messi ghi 117 bàn và có 64 kiến tạo. 27 bàn thắng, 26 kiến tạo và 53 lần đóng góp vào bàn thắng của Messi tại các giải đấu quốc tế đều là kỷ lục cao nhất lịch sử.